La conquista de México ha terminado, y Juan de Toñanes es uno de tantos soldados sin gloria que vagan como mendigos por la tierra que contribuyeron a someter. Cuando recibe una última misión, dar caza a un indio renegado a quien apodan el Padre y que predica una peligrosa herejía, comprende que puede ser su última oportunidad para labrarse el porvenir con el que siempre soñó. Pero a medida que se interna en las tierras inexploradas del norte siguiendo el rastro del Padre, descubrirá las huellas de un hombre que parece no sólo un hombre, sino un profeta destinado a transformar su tiempo y aun los tiempos venideros. Ni siquiera los muertos es la historia de una persecución que trasciende los territorios y los siglos; un camino que se dirige hacia el norte, siempre hacia el norte, es decir, siempre hacia el futuro, en un viaje alucinado desde la Nueva España del siglo xvi hasta el muro de Trump de nuestros días. Por él discurren antiguos conquistadores a caballo y migrantes que cabalgan los techos de la Bestia, indios sublevados y campesinos que aguardan con paciencia un mundo mejor, revolucionarios mexicanos que toman sus fusiles y mujeres asesinadas en el desierto de Ciudad Juárez. Todos ellos comparten un mismo paisaje y una misma esperanza: la llegada del Padre que habrá de traer justicia a los oprimidos.