El argumento de El Mayorazgo de Labraz es folletinesco: Don Ramiro, que se ha fugado con la esposa de su hermano Juan, trae a ésta gravemente enferma a Labraz. En seguida inicia relaciones con Micaela, la sobrina de don Juan al cuidado de la enferma. Antes de desaparecer con su nueva amante, roba el tesoro de la iglesia y suministra a la enferma una sobredosis, con el fin de unirse a Micaela sin impedimentos. Sin embargo, por debajo de la trama ramplona y vulgar, se despliegan y se discuten ideas como es consustancial a las novelas de Baroja. Así podemos ver el enfrentamiento secular, preludio de lo que estallaría años después, entre las viejas ideas conservadores, cercanas al carlismo y reaccionarias ante el progreso, y las ideas modernas, liberales, socialistas y llevadas, por oposición a sus contrarias, al exceso; vemos cómo estas dos concepciones del mundo se van radicalizando y entre ellas se abre un abismo infranqueable.