Últimos días del siglo XIX: un castillo sombrío sobre un arrecife del mar Báltico, una catacumba bajo el Palacio Imperial Hofburg de Viena y otros lugares igualmente inquietantes son los escenarios en los que se desarrolla esta novela. El Castillo Institoris es el hogar de la joven Aura. Su padre, el alquimista Nestor Nepomuk Institoris, se dedica a sus investigaciones secretas en un ala apartada de la fortificación. Lysander, otro maestro de la alquimia, es su rival acérrimo. Cuando Nestor muere asesinado por encargo de su contrincante, Aura se encuentra inesperadamente en la primera línea de un conflicto cuyas raíces se remontan a la Edad Media. Sin embargo, la muchacha se adentra confiada e imperturbable en el mundo de su padre. Flanqueada por su hermanastro, inicia una valerosa lucha contra Lysander, quien entretanto ha capturado a la hermana pequeña de los muchachos y la retiene en su poder. Al mismo tiempo, Aura se enamora del misterioso Gillian, quien traiciona a su señor por ella.