Japón ha sido invadido por dioses que solo han dejado muerte y destrucción a su paso. Con ciudades enteras clasificadas como zonas de peligro inhabitables, el investigador Sachiyuki Tokinaga está decidido a encontrar una forma de acabar con los dioses y salvar a la humanidad. Desesperada por obtener respuestas sobre la desaparición de su amiga, Waka se adentra en la zona peligrosa de Tokio en busca de pistas. En su lugar, encuentra a Tokinaga, y mientras Waka trata de decidir si debe confiar en él, el investigador no tarda en darse cuenta de que Waka oculta un peligroso secreto, uno que podría ser la clave para terminar con los dioses de una vez por todas, y puede que ambos acaben cambiando el destino del mundo para siempre.