Durante treinta años, el único contacto humano con el Área X, una zona donde una naturaleza malvada ha acabado aparentemente con toda forma de vida humana, han sido las expediciones enviadas por la agencia estatal Southern Reach. Después del fracaso de la expedición número 12, narrada en la primera parte de la trilogía, Aniquilación, la agencia se encuentra sumida en el caos. John Rodriguez ha sido nombrado nuevo director de la agencia. Con la única ayuda de un equipo en el que no puede confiar, Rodriguez debe desentrañar qué sucedió en la última expedición. Pero a medida que resuelve los enigmas que rodean el Área X, Rodriguez se ve enfrentado también a su propia verdad y a la de la agencia que dirige. Y las consecuencias de todo ello pueden ir mucho más lejos de lo que imagina.