Ambientada en el siglo XXI , Ghost in the Shell se desvela en una primera lectura como un thriller futurista de espionaje, al narrar las misiones de Motoko Kusanagi, la Mayor a cargo de las operaciones encubiertas de la "Sección Policial de Paz pública 9" o simplemente "Sección 9", que se especializa en enfrentar crímenes tecnológicos. La misma Kusanagi es prácticamente una máquina, un cyborg en realidad (un cerebro humano en un cuerpo artificial) capaz de realizar hazañas sobrehumanas especialmente requeridas por su labor.